Вторая половина XVI – начало XX в.
В 1552 году в результате длительной осады войсками Ивана Грозного и последующего штурма Казань подверглась разрушению. Многие защитники крепости погибли в кровопролитных боях, а оставшееся татарское население было выселено за пределы города. Начинается процесс активного заселения Казани и ее окрестностей русскими переселенцами. Происходит смена культурных традиций, формируется новый уклад городской жизни. Остатки былого величия столицы уничтожались, приспосабливались русскими поселенцами под новый город. Постепенно город расширяется. Площадь посадов разрастается почти в два раза. К началу XVII века число дворов увеличивается до двух тысяч.
Казань, являясь одной из наиболее укрепленных крепостей, защищающих восточные рубежи русского государства, стала одним из крупнейших городов. В городе была сосредоточена административная и военная власть над обширнейшим завоеванным регионом.
Возросшая геополитическая роль Казани, как оплота русского государства в Поволжье, показала необходимость расширения и укрепления её защитных сооружений. По поручению Ивана Грозного в 1556-1562 годах в Казань для строительства нового белокаменного Кремля были направлены знаменитые псковские зодчие Постник Яковлев и Иван Ширяй. Под их руководством на месте старой ханской крепости началось строительство новой системы укреплений, состоявшей из 13 башен и крепостных стен.
Новый Казанский Кремль был расширен в южном направлении, и к началу XVII века его границы окончательно сформировались и дошли до настоящего времени.
Помимо оборонительных сооружений псковские мастера на территории Казанского Кремля построили первые православные храмы: Благовещенский собор и церковь Киприана и Устиньи. Были основаны Троице-Сергиев и Спасо-Преображенский монастыри.
Долгое время сохранялись постройки ханского периода: ханская мечеть, ханский дворец и мавзолеи, которые использовались в качестве складских помещений для хранения оружия и боеприпасов, но примерно через 150 лет строения были разобраны.
В XVII веке в западной части Казанского кремля на месте бывшей ханской гвардии был создан Пушечный двор. Он представлял собой несколько соединенных между собой зданий, в которых осуществлялся ремонт и производство оружия.
К XVIII веку территория российского государства существенно расширилась и Казанский Кремль частично утратил свою оборонительную функцию, но продолжал являться административным центром Поволжья.
В связи с изменениями в административно-территориальном делении российского государства, в 1708 году была образована Казанская губерния, что повлекло за собой изменения в штате чиновников. Это стало причиной строительства на территории Кремля зданий, предназначенных для работы руководителей губернии.
В июле 1774 года Казанский Кремль был подвергнут двухдневной осаде войсками Емельяна Пугачёва. Кремль обстреливали из пушек, но восставшим не удалось его захватить благодаря мощным крепостным стенам, башням и стойкости защитников крепости. Это была первая и последняя осада казанской белокаменной крепости за всё время. После подавления восстания Пугачёв незадолго до казни перед отправкой в Москву содержался в одном из казематов Казанского Кремля.
С 1774 года под руководством архитектора В.И. Кафтырева стал реализовываться новый градостроительный план Казани, в котором предусматривалось строительство комплекса Присутственных мест в Казанском Кремле. Осуществлялась застройка прилегающей к Кремлю территории, а сама крепость стала началом центральных городских улиц.
В 1848 году по поручению Николая I был построен Губернаторский дворец, где размещались императорские квартиры, губернаторские комнаты и помещения для придворных служителей. В XIX веке на территории Казанского Кремля также были построены здания юнкерского училища, духовной консистории и новый архиерейский дом.
Вероятно, в первой половине XVIII века на территории Казанского Кремля была построена башня Сююмбике, один из самых узнаваемых символов Казани.
Архитектурный ансамбль Казанского Кремля и прилегающих к нему территорий, окончательно сложившийся к середине XIX века, по большей части сохранил свой исторический облик и в значительной степени дошел до наших дней.